补发去年工资扣税的方法如下：
合并计算应缴税款
将补发的工资分摊回所属月份，与原来的月工资合并计算应缴个人所得税。
按月计征
工资、薪金所得应纳的税款按月计征，即从纳税人月初第一日至月末最后一日取得的工资、薪金所得，减除费用三千五百元后，依法计征个人所得税。
扣除已缴纳的个人所得税
在计算应补缴的税款时，应扣除已缴纳的个人所得税。
适用税率和速算扣除数
根据个人所得税的计算标准，应纳税所得额乘以适用税率减去速算扣除数，得到应纳个人所得税税额。
具体计算步骤：
确定补发工资的所属月份
将补发的工资分配到每个月份，确定其所属期间。
计算每个月份的工资薪金所得
将补发月份的工资与原来每月的工资合并。
减除费用
从合并后的工资中减除每月三千五百元的费用。
计算应纳税所得额
应纳税所得额 = 合并后的工资 - 5000元（减除费用） - 专项扣除（如三险一金） - 专项附加扣除 - 其他依法确定的扣除。
计算应纳个人所得税
应纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
扣除已缴纳的个人所得税
从计算出的应纳个人所得税中，扣除之前已经缴纳的个人所得税。
确定补缴税款
补缴税款 = 应纳个人所得税 - 已缴纳的个人所得税。
示例：
假设某人2023年1月补发了12000元的工资，其原来的月工资为8000元，且已经缴纳了1000元的个人所得税。
合并计算应缴税款
合并工资 = 12000元 + 8000元 = 20000元
按月计征
每个月工资薪金所得 = 20000元 / 12个月 = 1666.67元
减除费用
每个月减除费用 = 5000元
计算应纳税所得额
第一个月应纳税所得额 = 1666.67元 - 5000元 = -3333.33元（亏损，不需要缴税）
第二个月应纳税所得额 = 1666.67元 - 5000元 = -3333.33元（亏损，不需要缴税）
...（以此类推）
计算应纳个人所得税
由于每个月都是亏损，因此不需要补缴个人所得税。
扣除已缴纳的个人所得税
由于没有盈利，不需要补缴个人所得税。
确定补缴税款
补缴税款 = 0元
建议：
建议企业与当地税务机关联系，确认具体的计算方法和可能存在的特殊规定，以确保税务处理的准确性。