农产品免税抵扣的增值税额计算方式如下：
从一般纳税人处购进
如果用于生产或委托加工13%税率的货物，按照10%的扣除率计算进项税额。
否则，按照9%的扣除率计算进项税额。
从小规模纳税人处购进
按照简易计税方法，即按照3%的征收率计算缴纳增值税，可以按票面金额和9%的扣除率计算进项税额。
从农业生产者处购进
可以凭农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算抵扣进项税额。
进口农产品
可以按照海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额计算进项税额。
其他情况
按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额。
请注意，以上信息基于最新的税法规定，具体抵扣规则可能会有所变动，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取最新信息