分居三年后起诉离婚的步骤如下：
准备起诉状及相关证据
撰写民事诉状，包括原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由（包括结婚时间、生育情况、分居原因等）。
准备相关证据，如结婚证、身份证、小孩的户口或出生证、财产相关证据（如房产证、机动车行驶证等）。
向法院提起诉讼
到被告所在地的基层法院（区或县法院）立案庭办理立案手续，提交民事诉状2份及相关证据的复印件。
立案庭审查后，需缴纳相关费用。
法院审理过程
法院在立案后，将起诉状副本发送给被告，被告需在收到后十五日内提出答辩状。
法院安排开庭时间，并向双方发送传票。双方可以委托律师或其他专业人士代理诉讼，必须到庭参加，若因特殊原因不能到庭，需向法庭出具书面意见。
法院审理时，会进行调解。如果感情确已破裂且调解无效，法院应准予离婚。
判决与执行
法院根据原告的诉讼请求和双方提交的证据，对是否准予离婚及财产分割、子女抚养等问题作出判决。
判决生效后，婚姻关系解除。
建议您尽快行动，收集并准备好所有必要的证据，以便顺利进行离婚诉讼。如有需要，可以咨询专业律师获取更详细的法律帮助。