疫情期间企业社保的处理方式如下：
网上申报缴费
企业可以通过电子税务局进行企业职工社会保险费的申报缴费，并打印缴费凭证。
延期办理缴费
用人单位因受疫情影响逾期办理职工参保登记、缴费等业务，经办机构应及时受理。
灵活就业人员和城乡居民2020年一次性补缴或定期缴纳社会保险费的时限要求放宽，未能及时办理的，允许疫情结束后补办，并在系统内标识。
逾期缴费不影响个人权益记录
逾期办理缴费不会影响参保人员个人权益记录，补办手续应在疫情解除后三个月内完成。
工资待遇
企业因受疫情影响导致生产经营困难的，可以与职工协商一致采取调整薪酬、轮岗轮休、缩短工时等方式稳定工作岗位，尽量不裁员或者少裁员。
符合条件的企业，可按规定享受稳岗补贴。
企业停工停产在一个工资支付周期内的，应按劳动合同规定的标准支付职工工资。
超过一个工资支付周期的，若职工提供了正常劳动，企业支付给职工的工资不得低于当地最低工资标准。
法律依据
《人力资源社会保障部办公厅关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》等相关文件明确规定了疫情期间社保缴纳的相关政策。
投诉与协商
用人单位未给员工缴纳社保是违法的，可以与用人单位协商，要求补缴社保，或者到当地劳动监察大队反映情况，也可以向社保局投诉，要求社保部门督促单位补缴。
缓缴与减免
疫情期间，企业可以申请缓缴住房公积金，对职工因受疫情影响未能正常还款的公积金贷款，不作逾期处理。
湖北省外中小微企业，2-6月养老、失业、工伤保险的单位缴费部分全部减免；湖北省外大型企业，2-4月的上述费用减半征收；湖北省内所有企业，2-6月的上述费用全部减免。
建议企业及时关注相关政策，合理安排社保缴纳工作，确保职工权益不受影响，并在疫情结束后及时补办相关手续。