当公司注销时，处理往来款项应遵循以下步骤和原则：
梳理与核查
对所有往来款项进行全面梳理和核查，确保数据的准确性和完整性。
分类处理
应收账款：
积极催收，如发送催收函、电话沟通、上门拜访等。
坏账核销，准备充分的证明材料，如债务人的破产清算证明、法院判决书等。
债务重组，与债务人协商达成新的还款协议或抵债协议。
应付账款：
与对方进行结算，并尽快偿还款项。
如果无法偿还，与对方协商制定偿还计划。
预付款项：
与对方进行结算，并尽快退还预付款项。
如果无法退还，与对方协商制定退款计划。
预收款项：
与对方进行结算，并尽快返还预收款项。
如果无法返还，与对方协商制定返还计划。
税务合规
在处理往来款项时，必须严格遵守税法规定，确保税务处理的合规性。
法律依据
根据《中华人民共和国企业法人登记管理条例》等相关法律法规进行操作。
注销登记
在办理注销登记时，提交法定代表人签署的申请注销登记报告、主管部门或审批机关的批准文件、清理债务完结的证明或清算组织负责清理债权债务的文件。
债务清偿
公司一般财产（非抵押物）处置所得顺序扣除破产费用、员工工资和安置费用、税金后不足偿付全部债务时由一般债权人按比例受偿。
偿还债务有剩余由全体股东按照出资比例或公司章程规定分配。
债权人申报债权
公司进行清算时，要通知收款人申报债权，并以公司财产支付应付款项。
公告与期限
清算组成立后，应在规定时间内通知债权人，并在报纸上进行公告。
公告后一定期限内（如45天）债权人未申报债权，可能视为放弃债权。
请确保在处理往来款项时，遵循上述步骤和原则，并咨询专业会计师或法律顾问以确保合规性和合法性。