运输企业在做账时，主要涉及以下几个方面：
收入确认
主营业务收入：运输企业收到的运费应计入主营业务收入。
会计分录：
```
借：银行存款/应收账款
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税（销项税额）
```
成本核算
主营业务成本：与运输直接相关的支出，如燃料、材料、员工工资福利、资产折旧费等，应计入主营业务成本。
会计分录（例如燃油卡购买）：
```
借：预付账款
贷：银行存款
```
其他间接费用：如车队管理人员工资、办公费、水电费等，不能直接计入营运成本和辅助成本，应计入其他间接费用。
会计分录（例如支付货运车维修费）：
```
借：劳务成本-运输成本
贷：库存现金
```
进货运费
采购货物成本：自己支付的进货运费应计入采购货物成本。
会计分录：
```
借：原材料等
贷：银行存款等
```
进货对方代垫运费
实际支付运费：若对方代垫运费，实际还是本企业付运费，会计分录如下：
```
借：原材料
贷：银行存款
```
违约金支出
营业外支出：因天气等因素导致货物未能准时到达支付的违约金，应计入营业外支出。
会计分录：
```
借：营业外支出
贷：银行存款
```
营运成本明细账户
车辆营运成本：核算与车辆运营直接相关的费用，如燃料费、轮胎费、保修费等。
营运辅助费用：核算为客运和货运提供劳务的辅助部门发生的费用，如车场、修理保养车间的费用。
其他间接费用：核算不能直接计入营运成本和辅助成本的各种间接费用。
以上是运输企业做账的基本方法，具体会计处理可能因企业实际情况和当地税务规定有所不同。请根据实际情况调整会计分录