办理港澳通行证签注的流程如下：
网上申请
申请人可以登录“国家移民管理局政务服务平台”进行在线申请，填写相关信息并选择受理公安机关，最后提交审核即可。网上申请的办证时限为7个工作日（不含速递时间）。
自助签注机办理
申请人可以前往就近的公安机关出入境管理窗口，在自助签注机上办理签注。
现场申请
申请人可以前往公安机关出入境管理窗口，提交填写完整的签注申请表、本人居民身份证原件及复印件、有效的港澳通行证等材料，进行现场申请。
所需材料
本人有效的二代身份证原件及正反面复印在同一张纸上的复印件。
户口簿原件及复印件，如果未满16周岁，则需提交户口簿。
近期免冠彩色照片若干张，具体数量根据当地要求而定。
填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。
港澳通行证原件（如果是首次办理或签注已用完）。
如果是代办的，还需提供代办人的身份证原件。
费用
签注费用：一次签注每个15元；二次签注每个30元。
通行证工本费：100元。
拍照和快递费用：大概50元左右（根据具体情况而定）。
注意事项
签注的有效期一般为1年，可以在有效期内多次使用。
申请人不得同时持有两个（含）以上同一前往地的有效签注。
如果所持用的往来港澳通行证最近一次未在户口所在地或居住地公安出入境管理部门办证大厅申办过香港或澳门签注，请直接到户口所在地或居住地公安出入境管理部门办证大厅申办香港或澳门签注后，方可再次网上申请。
建议选择网上申请或自助签注机办理，这样更加便捷且节省时间。如果选择现场申请，请提前准备好所有所需材料，以确保流程顺利进行。