住院费用农村合作医疗（新农合）的报销流程通常包括以下几个步骤：
住院登记
参保人员在定点医疗机构住院时，出示身份证和社会保障卡，并预交一定费用。
出院时，携带出院通知单、身份证、社会保障卡和预交款单原件。
提交材料
出院后，将住院发票、费用清单、出院记录和身份证等相关材料提交至本乡镇合管所进行审核。
审核过程
乡镇合管所审核通过后，将申请送至市农保业务管理中心。
报销处理
报销医疗费用将转入参保人指定的账户中。
报销比例和限额
报销比例和限额根据医疗机构的级别有所不同。例如，乡镇级（一级医院）住院报销比例通常为85%，县级（二级医院）为70%，市级（三级医院）为55%。
异地就医
对于异地就医的情况，需要按照当地规定办理报销手续。
请注意，以上流程可能因地区而异，具体操作请参照当地新型农村合作医疗的具体规定。