处理公司车辆违章，应遵循以下步骤：
确认违章责任
确定违章时实际驾驶人员，并由其承担违章责任。
准备处理材料
违章驾驶人需携带以下证件：
驾驶证原件
行驶证原件
身份证原件。
前往交通管理部门处理
驾驶人应前往公安机动交通管理部门处理违章，并缴纳罚款及办理扣分手续。
缴纳罚款
可以通过以下方式缴纳罚款：
现场缴纳（如现场贴罚单的）
银行缴纳（应在15日内到指定银行缴纳，逾期不缴纳的，会被加收罚金）。
处理异议
如果对处罚决定有异议，可以申请行政复议或提起行政诉讼。
记录与学习
公安机关交通管理部门会对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为实行累积记分制度，记分周期为12个月。
对在一个记分周期内记分达到12分的，由公安机关交通管理部门扣留其机动车驾驶证，并需参加道路交通安全法律、法规的学习及考试。
公司内部处理
公司内部应建立车辆违章处理记录，明确违章责任，并进行相应处罚和教育。
通过以上步骤，可以有效处理公司车辆的违章问题，确保交通安全和合规性。