公司计算工资的方式通常遵循以下步骤和原则：
职责分配
各部门经理根据公司相关规定提交部门核算规则，如考勤规则、加班规则、绩效规则等。
人力资源部负责制订薪资架构及薪资计算审核，完成各项与薪资有关资料的审核，并审批工资表。
薪资计算
根据员工职级规定及月薪、年薪、奖金有关资料信息进行计算。
确定不同性质员工（新入职人员、正式人员、离职人员、临时工）的结算流程。
新入职员工实行试用期工资，自报到之日起计薪。
正式人员根据职级规定计算工资。
临时工由任职部门提供审批完成的考勤表及核算依据，人力资源部计算工资并填报销单交相关领导审批。
薪资分类及标准
薪资可分为固定工资、绩效工资、加班工资和晋升工资等。
固定工资按照公司制定的月基本工资及有关薪资资料计算。
绩效工资占比为总额的20%，根据部门主管给出的绩效考评分数计算。
加班工资按加班者时薪的2倍计算，值班按日均工资乘以具体值班时间计算，节假日加班按日均工资3倍计算。
薪资计算依据
工资计算依据可包含考勤表、薪资项目更新明细表、社保明细扣款表、加班明细表、值班明细表、绩效考评成绩明细表等。
制定规则，约定核算依据迟交或未交的情况的处理措施。
工资发放时间
结合城市和行业等标准确定企业的发放日期，例如当月工资在下月固定日期发放，常见10日或15日。
最低工资标准
员工的最低工资不低于当地劳动部门规定的最低工资标准，不包括加班加点工资、中夜班津贴、高低温津贴和公司为员工交纳的社会保险福利待遇。
工资构成
员工的工资总额包括基本工资、加班加点工资、奖金、津贴和补贴。
加班加点工资以员工的基本工资作为计算基数，平日加点支付基本工资的150%，休息日加班支付200%，法定休假日加班支付300%。
特殊情况处理
裁员补偿按照“N+1”计算，即工龄每满一年支付一个月工资，额外支付一个月代通知金。
员工因私事请假，事假期间公司不发放工资。
扣款事项
公司可以从员工工资中扣除个人所得税、社会保险费（养老、失业、大病、住房公积金）中个人负担的部分、个人负担的工会会费、其他扣款等。
支付方式
员工工资以现金方式直接在公司规定的发薪日支付给员工本人或存入员工的银行帐户。
这些步骤和原则确保了工资计算的准确性和公平性，同时也符合相关法律法规的要求。