当公司遭受损失时，可以采取以下措施来处理：
按照劳动合同的约定要求赔偿
公司可以根据与员工签订的劳动合同中的约定，要求员工赔偿因员工本人原因造成的经济损失。赔偿金额可以从员工的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
依据公司规章制度处理
公司还可以依据自身的规章制度，结合员工过错的大小和损失程度，要求员工进行相应的赔偿。对于造成重大损害的情况，用人单位有权单方解除劳动合同。
采取法律手段
若员工故意或重大过失导致公司损失，公司可以依法追究员工的法律责任，通过法律途径追讨损失。
加强内部管理
公司应加强内部管理，科学有效地制定制度，确保资金流转安全，避免类似事件再次发生。例如，在催讨货款等经营行为中，应通过银行转账等安全方式，现金流转需两人以上并落实具体案情措施。
及时修复问题并总结经验
公司在发现损失后，应首先分析原因，修复问题，确保账户止损。同时，需要整理事情经过，向上级汇报，并准备书面文档详细说明事件起因、经过、修复过程及损失情况。通过反思事件，制定详细操作流程，避免类似事件再次发生。
建议公司在处理此类问题时，既要依法行事，又要注重内部管理和员工教育，以减少类似损失的发生。