当公司被收购时，员工的劳动合同通常有以下处理方式：
劳动合同继续有效：
收购后的公司会承继原公司的权利和义务，因此原劳动合同继续有效，员工可以在新公司继续工作。
工作年限和福利连续计算：
员工在原公司的工作年限和社保福利等会连续计算，对员工无影响。
经济补偿：
如果收购后的新公司不愿意继续履行合同，或者收购导致劳动合同无法履行且双方未能就变更合同内容达成协议，公司需要支付经济补偿金。经济补偿的计算方式是：每满一年支付一个月工资的标准，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资。
法律依据：
这些规定依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条和第四十条，以及《劳动合同法实施条例》第十条。
请根据具体情况选择合适的处理方式。