当发票被折叠时，您可以按照以下步骤处理：
检查信息清晰度
确保发票上的关键信息（如发票代码、发票号码、开票日期、纳税人识别号、金额、税率、税额等）清晰可辨。
尝试自动认证
如果发票信息仍然清晰，您可以尝试使用扫描软件对发票进行扫描，并导出待认证文件到U盘，然后拿到税务局进行认证。
或者，如果您的系统支持，可以在认证系统里手工输入密文区的密文进行认证。
手工录入
如果自动认证无法通过，或者发票信息因折叠变得模糊，您可以改用手工录入的方式进行认证。
拍照留存
如果以上方法都不可行，您可以使用复印机或数码相机对发票进行拍照，并在照片上注明“作废”字样和相关信息，然后将照片与原件一起提交给税务机关进行审核。
联系开票方
如果发票信息严重受损，建议尽快联系开票方进行更换或重新开具发票。
注意法律要求
根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票应妥善保管，不得擅自损毁。如果发票存根联和发票登记簿需要保存，应按规定期限保存期满后销毁。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并确保在税务审计时能够提供清晰的原始凭证。