员工自动离职的处理方式如下：
查明原因
首先确认员工是否真的存在旷工行为，如果员工没有旷工，应与公司理论，要求提供旷工的证据。如果公司无法提供证据，员工可以指出这是违法行为，并拒绝接受“自动离职”的认定。
通知与手续
企业应联系员工办理离职手续，进行工作交接，并结清工资及支付经济补偿金等费用。企业还需为员工出具解除劳动关系的证明。
赔偿损失
如果员工自动离职给企业造成了损失，企业可以依据《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》向员工主张赔偿。这包括企业招收录用费用、培训费用、直接经济损失以及劳动合同约定的其他赔偿费用。
规章制度
企业应将自动离职纳入严重违反规章制度的范畴，并在处理时依据相关规章制度进行。企业应制定明确的规章制度，并通过适当方式送达员工。
法律途径
如果员工自动离职涉及劳动争议，员工可以向劳动仲裁机构或法院申请帮助，要求确认劳动关系或要求经济补偿。员工应保留所有相关证据和资料，如出勤记录、公司规章制度、工资单等，以支持其诉求。
预防措施
企业应加强员工入职时的准备工作，明确告知员工相关文件送达的方式和地址，以便在员工离职时能够及时联系到员工，并确保企业决定等文件能够及时传达给员工。
公告送达
如果无法通过直接送达或邮寄送达员工，企业可以采取公告送达的方式，如张贴公告或通过媒体通知等。自发出公告之日起，经过30日，即视为送达。
综上所述，处理员工自动离职时，企业应首先查明原因，然后按照法律和企业规章制度进行操作，确保程序的合法性和公正性，并在必要时寻求法律途径解决争议。同时，企业也应采取措施预防自动离职的发生，通过明确规章制度和加强员工管理来减少类似情况的发生。