当企业遇到发票未抵扣的情况时，可以采取以下几种处理方式：
延期抵扣
向主管税务机关申请延期抵扣手续，并提供相关证明材料。
延期抵扣期限结束后，必须完成抵扣操作，否则可能需要重新申请延期或放弃抵扣。
补抵
如果发票信息完整且未作废，可以开具“补抵发票”，记录原发票号和补抵报告日期。
新发票替换
将原发票作废，并重新开具新发票，确保发票号连续。
更正申报
如果发票原件无法收回，可以向税务局申请更正申报，将不应抵扣的部分从进项税额中减去。
滞纳金和罚款
如果逾期提交申报表，可能需要缴纳滞纳金。
客观原因说明
如果是由于自然灾害、办税人员伤亡等客观原因造成未申报，可以向税务局提供书面说明并申请补申报。
主观原因处理
如果是由于办税人员的主观原因（如忘记或漏报）造成未申报，由于目前发票没有抵扣期限，可以放到后期继续抵扣。
认证和申报
应在发票开具之日起360日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内申报抵扣进项税额。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循税务机关的具体指导和规定。需要注意的是，处理未抵扣发票时应确保所有操作符合税法规定，避免产生不必要的税务风险