处理作废合同的方法如下：
回收或销毁
如果按照交易习惯应回收或者销毁的，当事人应履行回收或销毁义务。
例如，合同作废后，纸质合同可以在双方见证下销毁，电子合同可以删除或备份以防万一。
自行处理
如果不需要回收或销毁的，则由当事人自行处理。
当事人可以根据实际情况决定如何处理作废的合同，例如保留一段时间以备后续查询，或者彻底销毁。
履行通知、协助、保密等义务
在合同终止后，当事人一般仍需按照交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等义务。
例如，合同解除后，当事人需要通知相关方合同已经终止，协助处理合同履行过程中产生的遗留问题，并保守合同中的商业秘密。
合同解除后的法律责任
如果合同因违约而解除，违约方需要承担相应的违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
当事人还可以根据《民法典》等相关法律规定，追究对方的违约责任。
证据保留
在处理作废合同的过程中，务必保留相关证据，如书面解除协议、通信记录、邮件、录音等，以证明合同作废的合法性与合理性。
这些证据在可能出现的法律纠纷中将起到关键作用。
协商一致
合同作废最好通过双方协商达成一致，明确作废的原因、时间以及各自的权益。
如果一方单方面要求合同作废，可能会被视为违约，需要承担相应责任。
法律途径
如果合同作废过程中出现争议，可以通过法律途径解决，例如向法院提起诉讼。
综上所述，处理作废合同的关键在于遵循交易习惯，履行相关义务，并保留相关证据。在必要时，可以寻求法律帮助以解决争议。