已认证的发票处理方式如下：
发票联和抵扣联的处理
已认证的发票，发票联和抵扣联不可以退还销货方。
重开发票的处理
如果销货方重开发票，原先已认证的那张发票应作进项转出。
开具红字发票
如果已认证的专用发票存在问题，不能作废重新开具，企业需在防伪税控开票系统中开具红字发票申请单，并携带申请单及电子数据到主管税务机关办理红字发票通知单。
开票方企业凭通知单开具红字发票，然后按正确内容重新开具蓝字发票给企业。
账务处理
认证后用于抵扣的，做如下分录：
```
借：库存商品或原材料等科目
贷：应交税费—应交增值税（进项税额）
```
认证后不符合抵扣条件或不能抵扣的，做如下分录：
```
借：库存商品或原材料等科目
贷：应交税费—应交增值税（进项税额转出）
```
发票作废条件
不符合发票作废条件，或发生销货退回、开票有误等情形，需要开具红字专用发票时，按国家税务总局公告2016年47号的规定处理。
发票丢失的处理
已认证发票丢失时，使用专用发票抵扣联作记账凭证，并使用专用发票抵扣联复印件留存备查。
违规作废发票的处理
如果销售方违规作废发票，购买方只能对相应的进项税额作转出处理，并应与销售方联系查明原因。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循相关税法规定。