当作废的发票已经被认证，处理流程通常如下：
联系购买方 ：首先需要联系购买方，说明情况并请求其协助。发起发票退回申请：
购买方需在税务系统中发起《发票退回申请》，并上传相关证明材料。
税务局审核：
税务局审核通过后，购买方可以将作废发票从系统中退回。
销售方红冲操作：
销售方需要在税务系统中进行《发票红冲操作》，填写作废发票信息并提交。
税务局审核：
税务局审核通过后，销售方可以在系统中重新开具一张与原发票信息相同的发票。
核对发票信息：
最后双方需核对发票信息，确保无误。
注意事项
必须收回所有发票联才能作废。
已认证的发票不能进行进项抵扣。
如购货方已抵扣认证，需做进项税额转出处理。
如销售方误作废已认证的发票，税务机关可能会进行调查。
请确保遵循当地税务机关的具体规定和流程，因为不同地区可能有细微差别。如果有疑问，建议咨询当地税务局或专业税务顾问