当您遇到已经认证的发票被作废的情况时，您可以按照以下步骤处理：
联系开票方：
首先，您需要联系开票方，说明情况并请求其协助处理。
开具红字发票：
开票方需在税务系统中发起《发票红冲操作》，填写作废发票信息并提交审核。审核通过后，开票方将开具一张与原发票信息相同的红字发票。
进项税额转出：
您作为购买方，需要在税务系统中进行进项税额的转出处理。这通常涉及到在账务处理中借记相关成本或费用科目，并贷记进项税额转出。
核对发票信息：
双方应仔细核对红字发票和重新开具的蓝字发票的信息，确保无误。
保存证明材料：
在整个处理过程中，保留所有相关的沟通记录和证明材料，以备税务机关查验。
请注意，如果发票已经被认证，通常不能简单地退回给开票方，必须通过开具红字发票的方式进行作废处理。此外，您可能需要与开票方主管税务机关沟通，以确认具体的操作步骤和要求。