对于已经认证但作废的发票，您可以按照以下步骤处理：
了解作废原因
向开票方或税务机关了解发票作废的具体原因。
申请开具红字发票
如果发票作废是由于销售退回、折让或开票错误等原因，您可以按照国家税务总局的规定，申请开具红字增值税专用发票。
进项税额转出
如果无法重新开具正确的发票，您需要在税务申报系统中进行进项税额的转出处理。
遵守税务机关规定
确保所有的操作都符合税务机关的规定和要求。
报备和销毁
在收到税务机关的作废批复后，将作废的发票全部销毁，确保发票的安全。
与税务机关沟通
在整个过程中，保持与税务机关的沟通，确保信息的准确传递和问题的及时解决。
请根据您所在地区的具体税务规定和操作流程进行操作，如有疑问，建议咨询当地税务机关或专业税务顾问