当两次流标后，根据《中华人民共和国招标投标法》和相关法规，招标人可采取以下措施：
重新招标：
如果流标是由于投标人数量不足或其他可归责于招标过程的原因，招标人应分析原因并采取相应措施后，依法重新组织招标。
非招标采购：
在重新招标后若投标人仍然不足法定数量，或是其他非招标采购条件满足，招标人可报请有关行政监督部门核准后，采取竞争性谈判、单一来源采购、询价等非招标方式进行采购。
邀请招标：
招标人也可以向行政监督部门申请邀请招标，在获得批准后，向特定投标人发出邀请，并依照法定程序进行招标。
分析流标原因：
在采取上述措施前，招标人应先分析流标原因，并针对性地采取措施以优化未来的招标过程。
审批和核准：
对于必须审批、核准的工程建设项目，在报经原审批、核准部门审批、核准后，可以不再进行招标；对于其他工程建设项目，招标人可自行决定是否继续招标。
预算报告：
采用非招标方式采购计划达到公开招标金额标准的商品和服务时，采购人需向预算单位报告，并在采购活动开始前对采购计划方式进行审批。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并确保遵守相关法律法规。