当企业的进项税额大于销项税额时，可以采取以下几种处理方式：
留抵税额
将多余的进项税额留作下期抵扣，即留底税额。
在增值税纳税申报表中，将留抵税额反映在“实际抵扣额”一栏。
退税申请
如果留抵税额在一定期限内（如一年）未能完全抵扣，企业可以向税务机关申请退还多余的进项税额。
账务处理
对于药品经营等行业，可以依照税局要求的税负率，将多余进项发票留在手中不认证也不入账，用库存作暂估入库的方式来处理。
在次月进行认证，冲减暂估入库，并按照发票来入账。
税务规划
利用智能分析工具，合理规划税务策略，以充分利用税务盈余，降低税务成本。
自动化处理
使用代账软件等自动化工具，提高税务处理的效率和准确性。
数据安全
确保企业数据的安全性和保密性，特别是在数字化转型的背景下。
专业服务
寻求专业的税务咨询服务，确保企业在税务处理上的合规性。
请根据企业的具体情况和当地税务局的规定，选择合适的处理方式。需要注意的是，税务政策可能会有更新，因此在处理税务问题时，建议咨询专业的税务顾问或当地税务局获取最新的指导信息