运费险的扣费方式如下：
卖家端扣费
卖家在设置运费险时，每笔交易需要扣除0.3元左右的费用作为运费险的投保费用。
运费险的保费通常根据保费率和货值来计算，保费率一般是商品价值的一定比例，比如1%、3%或5%等。收费比例是根据货物的价值与险金之比来确定的，一般情况下，保费率为货物价值的0.5%~2%之间。
对于卖家支付的运费险金额，也是根据交易中产生的退货率收取的。如果一个店铺最初始是花费0.2元可以投保一笔交易，随着交易笔数的增多，某款宝贝的退货率比较高，达到一定的退货比例的时候，投保金额就需要提升，可能就需要0.4元投保一笔交易。
买家端扣费
运费险的赔付一般由保险公司自动赔付到支付宝账户里。
运费险的计算是根据买家和卖家两个地方间的距离和商品重量进行计算的，可能会和实际垫付的运费存在差距。买家在购买商品后，对商品不满意，没有确认收货之前，申请退换货，卖家同意后，填写好物流单号，等到卖家收货后，保险公司就会理赔，会直接打到买家的账户中。
支付方式
运费险保险费支持以下2种支付方式，商家可选择优先使用方式：
使用店铺可提现货款支付（New）。
使用商家预充值保险费支付：商家可通过扫码支付、公对公银行转账两种方式对运费险账户进行充值。使用方式（2）的商家若运费险账户余额不足，将使用货款进行投保，商家通过充值补足余额后，将继续优先使用预充值保险费支付。
总结：
运费险的扣费方式主要涉及卖家端和买家端的费用扣除，具体费用根据商品价值、退货率等因素确定。卖家在设置运费险时需要支付一定的费用，而买家在退货退款后可以获得保险公司的赔付。