当发票超出限额时，可以采取以下几种方法处理：
取消发票
如果超额金额较小，可以向购方企业提出取消超额部分的发票，并重新开具正确的发票。
补开负数发票
如果已经将超额发票交付给了购方企业，可以向购方企业补开负数发票，抵消超额部分的开票金额。
向税务部门申报调整
如果超额发票金额较大，需要向当地税务部门申报调整。企业需要在开具超额发票后及时向当地税务部门申报，提供相应的申报材料和说明情况的说明，以避免税务部门对企业的处罚。
纠正账目
企业应当及时将超额发票纠正到财务账目中，以避免财务报表的错误和影响税务申报等工作。
停止发票领取和打印
如果发票已经超限，应首先停止上述领取发票的操作，并联系税务机关及时调整发票限额。如果有发票未发出的，则应先停止发票的打印，以免发票出现问题而影响界面。
及时申报
如有发票已发出，要及时申报，以免影响后期开票。
咨询税务部门
在遇到超出营业执照范围的临时性业务，实际业务已经发生了，在开具发票前，可先向当地税局咨询有无特殊规定，如无则可据实开具发票。
变更经营范围
如果是经常性业务，企业应当办理变更经营范围后才可开具，避免被处罚风险。
保留证据
企业在开具超出经营范围的发票时，需要准备好相关证据并且妥善保管，以备后期税务查验。
重新开具发票
一般当天开具的发票是可以作废重开的，一定要在开具发票的当天及时进行确认。如果是代开机构代开的，需要重新计算发票税额，重新缴纳税款，再开具新的发票。
双方协商补正
如果发票开多了，可以通过双方协商、多开补正函或者申请书等方式，补正发票金额，以确保发票款项不影响双方经营活动。
税务处理
税务发票开超额，应该去税务局办理超定额的发票补税。税务局会给一张单子的，单子上列明了发票号码、开具金额、不含税金额。填好了后让税管员审核，审核后去办税大厅办理税款扣款，即补税。
根据具体情况选择合适的处理方法，确保合法合规并减少不必要的税务风险。