公司进行发票抵扣通常遵循以下步骤：
获取发票
确保从正规渠道获得发票，并包含销方纳税人识别号、发票代码、发票号码、开票日期、货物或应税劳务名称、数量、单价、金额等基本信息。
发票认证
将发票信息录入增值税发票管理新系统，核对无误后，进行发票认证。
对于增值税专用发票，直接进行抵扣。
对于普通发票，需计算含税金额并换算成不含税金额后，在增值税申报表中抵扣。
抵扣条件
确保所购商品或服务与申报的经营范围相符。
发票必须在规定的期限内认证，通常为90天内。
抵扣操作
对于一般纳税人，按销售计算销项税额，按进项计算进项税额，差额为应缴税额。
在增值税纳税申报表上申报认证通过的进项税额，并从销项税额中抵减。
保留凭证
抵扣完成后，保留好相关凭证以备税务机关核查。
税务申报
根据抵扣情况，每月或每季度向税务机关申报抵扣，并结清相关税费。
注意事项
确保发票内容的真实性，包括商品或劳务名称、金额等信息。
注意开票时间，确保与购买和销售发生的时间相符。
区分增值税发票抵扣的范围，通常不包括消费税。
请根据最新的税法规定和实际操作流程进行操作，并咨询当地税务机关以获取最新信息。