当客户丢失发票时，可以采取以下步骤处理：
收集信息
确认发票种类、发票号、发票抬头等详细信息。
验证发票是否确实丢失，有时客户可能只是暂时找不到。
客户说明
客户需出具加盖公章的丢失发票情况说明。
联系销售方
销售方携带客户的情况说明和记账联复印件（加盖公章）至当地税务局申请开具《已报税证明单》。
重新开具发票
如果发票未认证，可使用记账联复印件进行认证。
销售方需提供《已报税证明单》和记账联复印件作为抵扣凭证。
补开发票
如果发票已经由客户报销，可以申请补开发票。
提供必要的购买证明，如收据、商品质量保证书等。
电子发票
通过电子方式重新开具发票，以便客户使用。
报告税务机关
向主管税务机关报告发票丢失情况，并可能需要接受税务处罚。
发票作废或红冲
如果发票已经开具，需要按照规定程序作废或红冲，并重新开具发票。
发票管理
财务部门应建立《发票管理台账》，规范发票交接手续和流程。
专业帮助
如果情况复杂，可寻求专业税务代理机构的帮助。
请根据具体情况选择合适的处理方式，并遵循当地税务机关的规定和流程。