作废发票的处理方法主要分为以下几种：
缴存法
适用于省级以上税务机关认可的发票打印厂及开具点。
作废发票实体本身保存存放，由专人复核单份，并交报税务机关备案。
销毁法
适用于一般税务机关不认可的开具点。
采用国家规定的方法将发票销毁，销毁不完全或发生变故的，须重新销毁。
保管法
当事人需要把作废发票的所有联次保管好，并按月装订成册。
作废的发票一般是不可以恢复的，当事人只能要求对方当事人重新开具一张发票。
注明作废字样
发票开具者需在发票正面上注明“作废”二字。
将作废发票存入专用存放作废发票的箱中，并保持其可识别的完整性。
填写《发票作废申请书》
如果发票的作废原因属于发票开具错误、发票遗失、发票被窃或者作废，需要填写《发票作废申请书》，并向授权的税务机关申请批准。
税控机作废
增值税专用发票当月作废的，在税控机上作废。
隔月作废的作红字冲销。
红字冲销
对于已经作废的发票，如果需要重新开具，应当通过开具红字发票的方式进行冲销。
保存和销毁
作废发票应当存档保存，一般为5年，以供税务机关查验使用。
保存期满后，报经主管税务机关查验后销毁。
报告丢失
如果发票丢失，应当书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。
建议
提高发票开具质量：最大限度地避免发票作废，提高发票开具的准确性和规范性。
合理的发票册控制机制：采取有效的发票册控制机制，防止出现发票作废的情况。
妥善保管：无论是作废还是未作废的发票，都应当妥善保管，以备后续查验或重开。
这些方法旨在确保作废发票得到合规、安全、有序的处理，同时满足税务机关的相关规定和要求。