当您遇到发票丢失并被抵扣的情况时，请按照以下步骤操作：
确认发票类型
确定丢失的是增值税专用发票还是普通发票。
联系开票方
尽快联系发票开具方，说明情况，请求重新开具相同内容的发票。
重新开具发票
开票方会根据您的请求重新开具发票，并将新发票寄送给您。
保存新发票
收到新发票后，妥善保管，确保其真实性和完整性。
报税处理
在申报增值税时，使用新开具的发票进行抵扣。
特殊情况处理
如遇特殊情况或疑问，可咨询税务机关，获取帮助。
法律依据
根据《发票管理办法》第二十一条和第二十九条的规定，不符合规定的发票不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
发票丢失报告
如果发票丢失，应于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
发票复印件
如果发票联和抵扣联同时丢失，您可以要求销售方提供加盖公章的发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
税局证明
由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并由收票方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
请确保遵循以上步骤，并与当地税务机关保持沟通，以获得最准确的指导和帮助。