关于迟到工资的扣除，通常有以下几种方式：
按迟到分钟数扣除
可以设定一个标准，比如迟到一分钟扣除一定金额，如10元，迟到超过半小时则按旷工处理。
固定比例扣除
某些情况下，可以设定一个不超过当月工资20%的扣除比例，但不得低于当地最低工资标准。
其他规章制度
用人单位可以依据自己的规章制度来规定迟到工资的扣除方式，只要这些规章制度合法、合理，并且已经向员工公示。
法律限制
根据《劳动法》的规定，单位扣除工资的标准不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
特殊情况下的处理
如果因劳动者原因给单位造成经济损失，单位可以在法律允许的范围内扣除工资。
旷工处理
如果迟到时间较长，用人单位可以将其视为旷工，并按照旷工的规定进行工资扣除。
请注意，具体的扣款规则应事先在劳动合同或公司规章制度中明确规定，并且需要得到员工的同意。