处理车辆违章扣分的方法如下：
查询违章记录
可以通过车管所、交警大队或通过手机App等方式查询车辆有无违章记录。
确认违章并处理
携带身份证、驾驶证和行驶证到违章处理大厅办理，确认违章记录并获取处罚决定书。
缴纳罚款
根据处罚决定书上的指示，到指定的银行缴纳罚款。罚款应在15日内缴纳，逾期不缴纳会有滞纳金。
扣分清除
一个记分周期内扣分未达12分的，缴纳罚款后扣分清除。一个记分周期内扣分达到12分的，需要到指定地点进行学习和考试，考试合格后扣分才会清除。
法律依据
处理违章扣分依据《中华人民共和国道路交通安全法》相关条款，包括对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的行为进行行政处罚和实行累积记分制度。
建议
及时处理：建议车主在发现违章记录后尽快处理，避免逾期缴纳罚款产生滞纳金。
网上处理：对于扣分在3分以下的违法行为，可以通过交管系统的网上平台直接处理，包括缴纳罚款和免除扣分处罚。
现场处理：对于扣分在3分以上的违法行为或需要现场缴纳罚款的情况，必须到交警队或违法处理窗口办理，并参加相关学习和考试。