当公司被认定为工伤后，应遵循以下步骤进行处理：
及时治疗
员工发生工伤后，应立即送往医院进行治疗，确保伤情得到及时有效的处理。
申请工伤认定
员工或单位应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向当地劳动部门提出工伤认定申请。若单位未在规定时间内申请，员工或其亲属可在一年内直接向社会保险行政部门提出申请。
劳动能力鉴定
员工在治疗完毕或达到一定医疗期后，应向市级劳动能力鉴定委员会申请工伤鉴定，以判定伤残等级。
待遇审核
员工或单位根据医院的治疗发票、工伤认定书、劳动能力鉴定书等材料，向社保中心申请待遇审核，以获取医疗费用和伤残补助费用。
协商解决
在整个过程中，员工可以与用人单位进行协商，要求相应的赔偿。若协商无果，员工可以向法院提起诉讼，要求用人单位承担相应责任。
法律途径
如果员工对工伤认定结果不服，可以先申请行政复议，对复议决定不服的，再依法提起行政诉讼。
注意时效
工伤认定申请和劳动能力鉴定的时效性非常重要，务必在规定的时间内完成相关手续，以免影响员工权益。
通过以上步骤，员工可以确保自己的工伤权益得到充分保障。建议员工在处理工伤事宜时，及时咨询专业律师或相关部门，以确保自身权益不受损害。