公司在新三板（全国中小企业股份转让系统）上市的流程主要包括以下几个步骤：
满足新三板上市标准
依法设立且存续期限符合规定年限的有限责任公司。
开户本人需要具备一定的股票交易记录。
制定的证券营业厅需要履行账户的开立申请。
提供符合要求的市值证券资产证明。
到证券营业厅履行激活证券账户手续，激活证券账号，并向客户移交开户资料。
股份制改革
企业需要对拟上市的股份公司进行股份制改革，整体变为股份公司。这是为了满足新三板挂牌的主体要求，即必须是非上市股份有限公司。
尽职调查与推荐挂牌
券商对上市公司进行尽职调查，编制推荐挂牌备案文件，并承担推荐责任。尽职调查过程中，券商需要设立专门项目小组，并与会计师事务所、律师事务所等中介机构协调配合，完成相应的审计和法律调查工作。对于拟上市公司历史上存在的重大问题，如出资瑕疵、关联交易、同业竞争等，需要提出解决方案，并制作备案文件等申报材料。
券商应设立内核机构，负责备案文件的审核，并根据内核意见决定是否向协会推荐该公司新三板上市。决定推荐的，应出具推荐报告，并向协会报送备案文件。
审核与挂牌
主办券商将备案文件上报至中国证券业协会进行审核。中国证券协会负责审查主办券商报送的备案文件并做出是否备案的决定。审核通过后，企业可以正式在新三板挂牌上市。
后续工作
挂牌后，企业还可以根据自身情况考虑向更高层级的市场，如创业板或科创板转板。许多企业在新三板挂牌后，还会启动北交所上市计划，这通常是在挂牌基础层一定时间后进行的。
整个流程的时间长度可能因企业具体情况和市场环境的变化而有所不同，但根据现有的数据，整个过程一般需要6到9个月左右。
建议在准备新三板上市的过程中，企业应提前规划，选择合适的中介机构，并确保所有准备工作符合相关法规要求，以保证上市的顺利进行。