控制股东权利的方式主要有以下几种：
直接限制
通过立法明文规定，持股一定比例以上（如50%以上）的股东，其超出的股份表决力弱于一般股份。即该部分股份不再是“一股一表决权”，而是需要多股才享有一个表决权。
间接限制
规定不同公司议案的通过所需的最低出席人数和最低表决权数，从而增加大股东滥用表决权的难度，间接达到限制效果。
对代理表决权的限制
由于股份有限公司股东人数众多且高度分散，为方便那些不能亲自出席股东大会又不愿放弃表决权的股东行使表决权，各国公司法大都允许股东采取委托投票方式参加表决。但对委托投票权也应进行一定的限制，防止滥用。
股权穿透与控制
小股东可以通过股权穿透的方式放大自己手中的股份，从而控制股东会。利用公司章程中的相关条文，修改董事提名权的相关条款，拿到更多的董事会席位，进而控制公司高管层。
参与决策权
股东大会是公司的权力机构，股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。对于特别重大的决议（如修改公司章程、增加或减少注册资本、公司合并、分立、解散或变更公司形式），必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
选择、监督管理者权
股东大会选举董事、监事，可以依照公司章程的规定或者股东大会的决议，实行累积投票制。这有助于小股东选择和监督公司的高级管理者。
对未履行出资义务的股东权利的限制
根据《公司法》及《最高人民法院关于适用若干问题的规定（三）》，对于未履行或者未全面履行出资义务或者抽逃出资的股东，公司可以对其利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利作出相应的合理限制。
股权结构分配
在合伙创业初期，合理的股权分配至关重要。要保证公平性、效率和控制力，防止公司出现僵局。创业者应根据合伙人投入的资金或对企业贡献度进行分配，确保创业团队中的精神领导者拥有绝对话语权。
这些方式可以单独或结合使用，以达到限制股东权利、保护小股东利益、维护公司稳定和正常运作的目的。具体应用时，需要根据公司的实际情况和法律法规进行合法合规的处理。