增值税发票报销的基本流程如下：
费用开支的基本报销程序
经办人签字确认费用内容；
复核人证明或部门负责人确认费用合理性；
财务审核，确保费用符合报销标准；
总经理审批，最终确认费用。
实物开支的基本报销程序 （如果适用）：经办人签字确认实物内容；
验收人验收，如有必要，进行质检；
部门负责人确认实物情况；
财务审核，确保费用符合报销标准；
总经理审批，最终确认费用。
特殊费用开支的基本报销程序
（如果适用）：
经办人签字确认费用内容；
复核人证明或部门负责人确认费用合理性；
总经理审批，最终确认费用；
财务审核，确保费用符合报销标准。
总经理的费用由副总经理审批，若无副总经理则由财务经理审批；
财务经理的费用由主办会计审核。
审核审批的基本内容包括：
经办人：核对项目、单价、金额是否正确，是否有事先申请报告，发票是否规范，用途是否清晰；
部门确认（或验收人或证明人）：确认项目是否属实，单价是否合理，是否有验收人确认签字；
财务审核：审核费用是否按照报销标准报销，采购价格是否合理，是否按合同执行，相关人员是否已确认签字，核对项目、单价、金额是否正确，是否有事先申请报告，发票是否规范，票据是否完整，用途是否清晰；
总经理审批：审批项目是否属实，价格是否合理，相关人员是否已确认签字。
资金会计（出纳）在付款时，必须对原始单据的金额再次全面核对，确保付款金额与原始单据金额相符。
注意事项
增值税发票必须是合规的，内容真实，发票抬头应为报销单位名称，发票内容应为公司真实交易内容，项目填写真实准确，盖有清晰的对方单位财务专用章或发票专用章，发票开具时间应在报销期间内（不得跨年度报销）。
如果需要作为完税凭证，则必须是增值税专用发票。
报销的审核应确保费用发生的真实性，发票的真伪，发票、报销单是否正常，有无报销金额超过提供的发票金额，以及报销金额是否在控制的报销范围内。
发票丢失后，可以尝试联系开票单位获取存根联或记账联的复印件，并由相关领导签字后作为报销凭证。
请根据您公司的具体报销制度和流程进行操作，如果有任何疑问，建议咨询财务部门或相关负责人