农产品收购发票的抵扣方法如下：
凭票抵扣
从一般纳税人销售方购进农产品，取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按发票上注明的税额抵扣。
从小规模纳税人销售方取得征收率为3%的增值税专用发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
从农业生产者处采购免税农产品，可开具免税销售发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
自行开具农产品收购发票，按发票上金额乘以9%的扣除率计算进项税额抵扣。
核定抵扣（核定扣除）
购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，可在购进时扣除9%，并在生产领用当期加计抵扣1%，即扣除率为10%。
其他抵扣方式
索赔抵扣：如收购发票价格过高，可向原出货商要求减免价格，减少索赔部分的进项税。
计算公式
进项税额 = 农产品买价 × 扣除率。
注意事项
抵扣时需准备书面合同、付款证明和扣税凭证等材料。
抵扣时机和限额：在购买发票所在纳税期内进行抵扣，单张发票抵扣金额不得超过当期销售额的80%。
以上信息根据最新的税法规定和实施细则整理得出，具体操作时应以当地税务部门的规定为准。