信用卡日元还款的方法主要有以下几种：
自动还款
在信用卡绑定的借记卡中自动扣除相应的日币金额。
需要在银行开通自动还款功能，并确保借记卡中有足够的余额。
在消费时选择日币结算，消费金额将自动转换为人民币，并在还款日从借记卡中扣除。
手动还款
在还款期限内，手动将相应金额的日币还款至信用卡账户。
可以通过网银或手机银行选择信用卡还款功能，输入还款金额并选择日币还款。
确认还款信息无误后提交还款申请。
跨境汇款
将人民币兑换为日币，通过跨境汇款办法还款至信用卡账户。
在银行办理跨境汇款业务，填写汇款申请表，提供信用卡账户信息，确保汇款金额正确。
等待汇款到账，一般在1-3个工作日内完成。
购汇还款
如果信用卡是美元双币种卡，以美元入账，那么还款时需要购汇还美金。
以还款当天银行的美元卖出价来购汇还款。
柜台还款
持信用卡和有效身份证明到银行柜台进行现金存款还款。
使用关联账户还款
已绑定自动还款的，可以通过关联账户中相应的外币或人民币偿还信用卡的外币欠款。
建议选择最适合自己的还款方式，例如经常使用信用卡进行日币消费的用户，开通自动还款功能会更加方便。如果需要手动还款，建议提前确认好还款金额和账户信息，以确保还款过程顺畅。