厦门健康证办理流程如下：
法定需办理人员
准备证明材料
营业执照和相关许可证、备案证明复印件（加盖公章或法人签字盖手印）。
用工证明或拟录用证明（如劳动合同、工作证、就业协议等）（加盖公章或法人签字盖手印）。
个人身份证件。
预约医疗机构
通过拨打96166、医院预约电话、公众号“美丽厦门智慧健康”、医院公众号或到现场进行预约。
集体预约请拨打附件1中各医疗机构的咨询电话。
从业人员仅能在用工单位所在区的定点医疗机构进行体检，不支持跨区体检。
体检
携带材料按预约时间前往医疗机构进行体检。
医疗机构审核材料，符合条件的进行登记体检，材料不齐的需补充材料重新预约，材料无法证明为法定需办理的人员的，定点医院不予体检。
出证
我市已全面推行电子健康证，体检完成5个工作日后，办证人员可在电脑或手机上查询电子健康证信息，如无法查询，请联系办证医疗机构。
自愿申请办理人员
预约医疗机构
通过拨打96166、医院预约电话、公众号“美丽厦门智慧健康”、医院公众号或到现场进行预约。
部分医疗机构也可不预约直接前往。
体检
按预约时间前往医疗机构缴费进行体检，具体收费标准由医院按物价局规定自行决定。
出证
体检完成5个工作日后，办证人员可在电脑或手机上查询电子健康证信息，如无法查询，请联系办证医疗机构。
注意事项
定点医疗机构支持法定需办理人员集体预约办理，企业可以与辖区定点医疗机构签订团体办理合约，企业仅需在签订合约时提供营业执照、员工花名册等材料，之后在花名册内的员工即可凭个人身份证件去签约机构体检，无需再次提供材料。
符合免费办理健康证的从业人员每年只可享受一次免费办理健康证。
采血需在每天上午9时前空腹进行，体检前避免剧烈运动，忌饮酒和肉类食物，以免影响肝功能化验结果。