垫付的医药费可以通过以下几种方式处理：
协商处理
可以先由双方当事人协商处理，确定垫付医药费的返还方式和时间。
保险公司理赔
及时通知保险公司已完成自费垫付，并提供必要的信息如保险合同号码、被保险人信息和医疗费用的详细清单。
填写理赔申请表，详细描述医疗费用的性质、日期、金额等信息，并附上相关的凭证和证明文件。
保险公司在3-7个工作日内完成理赔方案的制定和审核，并将医药垫付款项打入当事人的银行账户。
法律途径
如果协商无效，可以向法院起诉解决。收集好垫付医药费的相关证据，写好起诉状，向对方所在地的法院提交起诉状与相关证据材料。
法院开庭审理，依据事实与证据，作出裁判。
交通事故垫付医药费
交通事故垫付的医药费可以向肇事者和保险公司索要赔偿，主要包括医疗费用、误工费、住院期间的生活、营养补助等。
可以通过交警开出的事故责任认定书为责任划分依据，向保险公司和肇事者索要赔偿。
交通事故垫付的医药费可以直接起诉肇事者和保险公司要求赔偿全部费用。
医保报销
如果参加了当地的基本医疗保险，可以携带相关证件和发票、处方等材料到当地社保或医保中心进行报销。
商业医疗保险报销
购买了商业医疗保险的，可以联系保险公司，了解具体的报销流程及要求，按照要求提交相关材料进行报销。
税务扣除
符合条件的医疗费用可以在个人所得税纳税时扣除，具体操作流程请向当地税务局咨询。
财产保全
如果事故责任已认定，受害人可以向法院申请财产保全，扣押当事人的车辆和财产，强迫对方支付医疗费用。
建议：
在垫付医药费后，及时与保险公司和对方沟通，确保有足够的证据支持后续的理赔或追偿。
如果对方不配合，可以通过法律途径解决，但需注意诉讼时效和相关法律规定。