办理有贷款的房产证通常需要遵循以下步骤：
提交申请 ：携带身份证、户口本、结婚证（如适用）、购房合同、房屋的相关产权证等资料到房管部门提交申请。缴纳税金：
房管部门对房产进行测绘并给出回执单，根据回执单上的指示缴纳相应的税金。
办理抵押登记：
领取房产证后，需要到房管局办理房产证抵押登记。如果是按揭贷款，则需要办理《房屋他项权证》，并将该证放在银行作为抵押。
法律依据：
根据《城市房地产抵押管理办法》第三十条，房地产抵押合同签订后30日内，抵押当事人应到房地产管理部门办理抵押登记。
注意事项
即使房产证上有抵押标记，还清贷款后仍需办理抵押解除手续，以获得房屋的全部产权。
如果无法一次性清偿贷款，可以考虑与贷款银行协商变更贷款人或通过贷款公司赎出房产证。
在某些情况下，如离婚房产有贷款，可能需要办理过户手续，并可能需要公证处公证相关协议。
请确保遵循当地房产管理部门的具体规定和流程，因为不同地区可能有细微差别。