水利基金的计算方法如下：
按营业收入的千分之一缴纳
水利建设基金可以按照企业上月销售收入或营业收入的千分之一来计算缴纳。
按销售收入的3%计征
另一种计算方式是按照企业当期销售收入的3%来计征水利建设基金。
根据水利工程总投资分担比例收取
水利建设基金还可以根据水利工程总投资的分担比例来收取，具体的计算方法包括确定水利工程规模、工程概算法计算不同项目投资、根据地区规定确定收取比例及最终根据总概算金额和确定比例计算出水利建设基金的数额。
按照增值税、消费税实际缴纳额的1%来计提和交纳
水利建设基金也可以按照增值税、消费税实际缴纳额的1%来计提和交纳。例如，在山东省行政区域内缴纳增值税、消费税的企事业单位和个体经营者，以其实际缴纳的增值税、消费税税额为计税依据，与对应的增值税、消费税同时向税务机关办理地方水利建设基金申报。
建议
具体的水利基金计算方法可能会因地区和政策的不同而有所变化。建议企业根据当地的具体规定来确定缴纳比例和计算方法，以确保准确合规地缴纳水利建设基金。