上海处理违章扣分的方法如下：
现场处理
携带身份证、驾驶证、行驶证到违章处理大厅办理。
确认违章信息，包括违章时间、地点、原因及罚款金额和扣分情况。
签字确认处罚决定书，并在规定时间内缴纳罚款。
罚款缴纳后，保留好票据，以便后续查询和处理情况。
网上处理
对于未扣分或扣6分以下的违章，可以通过网上平台进行办理。
输入车牌号和发动机号，查询违章记录，并进行在线处理。
在线缴纳罚款后，系统会自动更新违法信息。
异地处理
如果是异地违章，需要先到交警队确认违章和扣除分数，然后才能缴纳罚款。
外省市号牌机动车在本市的违法记录已转递至机动车登记地的，也可以到机动车登记地公安机关交通管理部门接受处理。
缴纳罚款
处罚决定书一旦打印完毕，必须在15日内交罚款，超过15天的，每天收取3%的滞纳金，但滞纳金的总额不能超过罚款的总额。
可以通过指定银行或网上支付平台缴纳罚款。
违法信息查询与消除
交完罚款后，可以在网上查询违法信息，确认违法信息是否已消除。
如果违法信息未消除，可以携带交款单子到交警队的法制科说明情况，经过工作人员确认后，违法信息将被删除。
建议：
建议优先选择网上处理或现场处理，以节省时间和精力。
如果需要缴纳较大金额的罚款，建议提前了解相关银行的缴纳流程和注意事项。
确认违章信息无误后再进行缴纳罚款，避免因信息错误导致重复处理。