预付款的扣除通常遵循以下步骤和规则：
起扣点的确定
起扣点是工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额。计算公式为：
```
T = P - M / N
```
其中：
`T` 是起扣点，即预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；
`P` 是工程的价款总额；
`M` 是工程预付款限额；
`N` 是主要材料及构件所占比重。
预付款的扣回
预付款可以从每次结算工程价款中按材料比重扣抵工程价款，直至竣工前全部扣清。
扣回时间及方式
发包人通常至少在合同规定的完工期前三个月开始按逐次分摊的办法扣回预付款。
特殊情况
如果承包人完成的累计金额达到合同总价的一定比例（由双方合同约定），则可以采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣预付款。
对于工期较短、造价较低的工程，可能无需分期扣还预付款；而对于工期较长、跨年度的工程，可能需要根据工程的实际情况调整扣款计划。
请注意，这些规则可能因具体合同条款和国家/地区的法律法规而有所不同。在实际操作中，应以合同内容和相关法规为准