在交通事故中，如果机动车与非机动车或行人之间发生事故，并且机动车被认定为负次要责任，那么赔偿方式如下：
保险赔偿：
首先，由承保机动车强制保险的保险公司在责任限额范围内进行赔偿。如果损失超出了强制保险的责任限额，那么接下来会由承保机动车商业保险的保险公司根据保险合同的约定进行赔偿。如果机动车没有购买商业保险，那么剩余的赔偿责任将由实际肇事者承担。
责任比例：
在机动车与非机动车或行人之间的交通事故中，如果机动车被认定为负次要责任，通常需要承担40%的赔偿责任。相应地，非机动车或行人则需要承担60%的责任。
赔偿内容：
赔偿内容通常包括因交通事故造成的人身损害和财产损失。具体赔偿项目可能包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费、残疾赔偿金、残疾辅助器具费、被扶养人生活费、康复费、护理费、后续治疗费等。
赔偿流程：
赔付时间通常在车辆修复或自交通事故处理结案之日起三个月内。保户需要携带保险单、事故处理证明、事故调解书、修理清单及其他相关证明到保险公司领取赔偿金。如果与保险公司发生争议，可以通过仲裁或诉讼解决。
总结来说，机动车在次要责任情况下，首先由保险公司在强制保险责任限额内赔偿，超出部分由保险公司在商业保险责任限额内赔偿，若还有不足部分则由肇事者按40%的比例赔偿。赔偿内容涵盖治疗费、误工费、护理费等直接损失，以及可能的精神损害抚慰金等间接损失。