物流公司进行账务处理的基本流程包括以下几个步骤：
收集账务凭证
收集财务报表、客户发票、收款记录、支出凭证等。
审核凭证
检查凭证的完整性、准确性，以及是否符合财务分录的要求。
账务处理
根据准确的客户信息和发票信息，登记记账凭证，记录出入货物的数量、单价、付款方式等财务信息。
结算账务
根据当月收支情况，结算每一笔账务，登记余额发票，结转期末余额，以及核对收入、支出的差异。
编制财务报表
根据财务管理需求，选择不同的财务报表，确保财务信息的准确性。
纳税申报
根据相关税法规定，进行纳税申报工作。
具体的会计分录示例：
收入确认：
```
借：银行存款/库存现金/应收账款
贷：主营业务收入
```
计提税费：
```
借：营业税金及附加/管理费用/所得税费用
贷：应缴税费
```
固定资产购置：
```
借：固定资产
贷：银行存款
```
支付费用：
```
借：管理费用
贷：银行存款
```
确认收入并结转成本：
```
借：应收账款等
贷：主营业务收入
借：主营业务成本
贷：劳务成本
```
收到预付款：
```
借：银行存款
贷：预收账款
```
计提工资：
```
借：劳务成本
贷：应付职工薪酬
```
发放工资：
```
借：应付职工薪酬
贷：其他应收款/银行存款
```
上交社保、公积金、个人所得税：
```
借：应付职工薪酬/其他应收款
贷：银行存款
```
请注意，账务处理流程和方法可能会根据具体的业务需求和当地的会计准则有所不同。物流公司应当根据自身的实际情况和当地的规定进行账务处理。