公司扣税通常遵循以下步骤和公式：
确定税务登记 ：公司需根据所在地的税务要求完成税务登记，并获得纳税人识别号或税务登记证明。计算应纳税额：
公司根据税法规定计算所得税的应纳税额，这通常涉及计算公司的应纳税所得额和适用的税率。
工资扣税计算
应纳税所得额 = 工资薪金所得 - 五险一金 - 个税起征点
应交个人所得税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
其中，个税起征点通常为每月5000元人民币。
申报纳税：
公司需要按照规定的时间表提交纳税申报表。
补发工资处理
补发工资应并入当月工资薪金所得计算扣缴个人所得税。
补发工资的应纳税额计算公式为：所属月份补发工资应纳税额 = （补发工资 + 原所属月份的工资薪金所得）- 个人应纳的五险一金 - 费用减除额 × 适用税率 - 速算扣除数 - 原所属月份已缴纳的个人所得税。
其他扣除
合理的工资、薪金支出，职工福利费支出，职工教育经费支出等，在计算企业所得税应纳税所得额时允许扣除。
请注意，税法规定可能随时间变化，具体操作应遵循最新的税法规定和地方税务局的指导。