如果档案中有涂改痕迹，可以采取以下措施进行补救：
立即通知相关部门
发现档案中有涂改痕迹时，应当立即通知档案管理部门或人事部门，并说明情况。
现场确认
可以要求相关部门进行现场确认，核实档案中的涂改痕迹是否与事实相符。
补充材料
如果涂改痕迹是因为缺少或错误的材料而导致的，可以补充相关的材料，以证明档案的真实性。
申请复印件
如果档案中的原件有涂改痕迹，可以申请复印件，并在复印件上进行标注，说明原件存在涂改痕迹。
申请补正
如果涂改痕迹是因为档案管理部门的失误导致的，可以向相关部门申请补正，要求对档案中的错误信息进行更正。
重新密封和盖章
如果涂改仅仅是档案袋外壳的，可以重新进行密封贴条，并在上面盖公章，然后将档案存放在人才中心。
如果档案袋内部的材料已经出现涂改痕迹，需要将有涂改痕迹的材料进行再次补办，并重新进行密封贴条和盖公章。
法律责任
对于涂改、伪造档案的行为，由县级以上人民政府档案行政管理部门和有关主管部门依法对直接负责的主管人员或其他直接责任人员给予行政处分。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
专业认定
对于档案中出生年月不一致的情况，需要提供相关说明并进行组织鉴定。对于涂改、虚填等情况，需要取证原始依据材料并可能送公安部门进行物证鉴定。
注意保密性
在处理涂改档案时，要特别注意保密性，避免因小失大，确保原始档案的完整性。
通过以上措施，可以尽可能地补救档案中的涂改痕迹，并确保档案的真实性和完整性。