如果您在日本丢失了护照，请按照以下步骤操作：
报案
前往丢失护照所在地的警察交番处（派出所）报案，并获取遗失证明（紛失届証明書）。
获取遗失证明
遗失证明必须由警察署出具，交番（派出所）无法开具此证明。
补办旅行证
携带以下材料前往中国驻日本大使馆申请补办旅行证：
身份证复印件
原护照复印件
两张白底照片
遗失证明
填写《中华人民共和国护照/旅行证/海员证/回国证明申请表》
补办旅行证可能需要一些时间，具体时长请根据大使馆的指示。
补办签证
补办护照后，您需要携带补办好的护照和其他必要的签证文件，前往日本当地的入国管理局说明情况并补办签证。
注意事项
如果您确定要补办旅行证，那么即使旧护照找到了也不能再使用。
在补办护照期间，如有需要使用护照，可以申办旅行证作为临时证件。
尽量在当地的中文报纸上刊登护照作废的广告，以防不法之徒利用您的护照进行非法活动。
请确保按照正确的流程操作，如果有任何疑问，可以直接联系中国驻日本大使馆获取帮助。