作废的增值税专用发票处理步骤如下：
确认作废条件
发票开具当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件。
开票时发现错误，可即时作废。
作废操作
在发票的“作废”栏次填写“作废”字样，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。
如果发票已经认证抵扣，需按规定进行红冲操作。
发票保管
将作废的发票与存根联一起保存，保存期限为5年。
发票各联必须齐全，全部加盖作废字样印章，订好后单独保管。
账务处理
如果作废的发票涉及已认证的进项税额，需要进行进项税额转出处理。
相关账务处理示例：
```
借：库存商品/原材料
贷：应交税费-应交增值税（进项税额）转出
```
税务申报
在税务申报时，如实申报已作废的专用发票。
系统操作 （如有必要）：
登录税务系统，在发票管理中选择“发票作废”菜单项进行作废操作。
注意事项
确保作废的发票原因清晰，防止重复开具。
如因不可抗力导致发票作废，需提供相关证明材料。
销售方作废发票前应确认对方是否已认证发票，避免违规作废带来的问题。
请根据具体情况，遵循当地税务机关的规定和流程进行操作。