如果您的报到证丢失了，可以采取以下步骤处理档案问题：
重新开具报到证
您可以联系您的毕业学校，请求重新开具报到证。这通常需要提供一些个人信息和证明材料，如身份证、毕业证等。
通过工作单位调档
如果您已经找到工作单位，可以由单位出具调档函，将档案从学校转移到工作单位。如果单位没有档案接收权，也可以由单位出具介绍信，要求当地人才市场办理档案转移和寄存手续。
补办报到证遗失证明
如果报到证确实丢失且无法重新开具，您需要前往毕业学校就业办办理报到证遗失证明。然后携带该证明、身份证原件和毕业证原件，到报到证开具地的相关部门补办报到证或开具遗失证明。
处理未归档的档案
如果您的档案还托管在毕业生就业指导中心，且未完成转正定级手续，这类档案不能像普通人事档案一样办理调动。您需要联系毕业学校或就业指导中心，了解如何重新密封档案并托管到人才中心。
法律依据
根据《中华人民共和国档案法》第十四条，档案应当定期向本单位档案机构或工作人员移交，集中管理。任何个人不得拒绝归档或据为己有。如果档案报到证丢失，可以通过学校重新开具或工作单位调档函转移档案。
补办报到证签发证明
如果您已经超过两年择业期，无法补办新的报到证，只能补办报到证的签发证明。具体流程包括向学校提出补办申请，填写申请表，回工作单位开具证明，再到学校就业部开具证明信，最后携带所有材料到省就业办补办签发证明。
建议您尽快联系毕业学校或就业指导中心，确认具体的补办流程和所需材料，以确保档案能够顺利处理。