军人的住房公积金计算方式通常是根据其工资的一定比例来计算，这个比例一般是12%，即军人每月需缴纳其工资的12%作为住房公积金，同时单位也会缴纳相同的金额。对于97年12月之后入伍的军人，除了这12%的住房公积金外，还可以享受到额外的9%的住房补贴。
需要注意的是，现役军人没有公积金，只有住房补贴，一般都是在工资奖金中直接发放现金，通常包括一次算清的基本补贴和按月计算的基本补贴。
另外，对于退役军人在缴存住房公积金方面，某些地区提供了财政补贴配缴政策，例如平阳县的灵活就业退役军人建缴住房公积金可享受每月50元的财政补贴配缴政策。
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